Générateur de Sankey d'Enrichissement Métabolite-Voie
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Tous les outils GotoKit fonctionnent directement en ligne, sans téléchargement.
Téléversez un modèle CSV fixe pour générer un Sankey d’enrichissement à deux colonnes métabolite → voie, avec un panneau d’enrichissement assorti à droite (axe x = -Log(Pvalue), surface des bulles = Count, teinte rouge = Hit Ratio). Les rubans utilisent un gris clair uniforme à opacité ~0,6 pour que les superpositions s’assombrissent ; chaque étiquette est placée à GAUCHE de sa barre, alignée à droite et centrée verticalement sans pastille ; ~50 métabolites pastel alimentent 11 voies couleur gemme. Fond clair / sombre, export PNG / SVG.
À propos de cet outil
La métabolomique masque souvent la voie réellement enrichie. Cette figure enchaîne métabolite → voie : ~50 métabolites pastel circulent en rubans gris clair (~0,6 d’opacité) vers 11 voies ton gemme ; chaque étiquette à gauche, alignée à droite et centrée, sans pastille ; le panneau droit s’aligne ligne à ligne — x = -Log(Pvalue), surface = Count, rouge = Hit Ratio. Pensée pour la métabolomique, les biomarqueurs et les aperçus d’enrichissement académiques.
- Export PNG / SVG net et modifiable
- Plusieurs thèmes intégrés, changement en un clic
- Prise en charge des fonds clair et sombre
- Gratuit, sans filigrane ni limite
Comparé aux workflows de dataviz généralistes
| Critère | Cet outil | Alternative classique |
|---|---|---|
| Direction visuelle | Optimisé pour une grammaire visuelle précise | Plus généraliste, mais plus de réglages |
| Export | Export PNG/SVG rapide | Plus de formats, mais plus lourd |
| Idéal pour | Slides, pages éditoriales, visuels sociaux | Créer un graphique analytique sur mesure |
Documentation
Qu’est-ce qu’un Sankey d’enrichissement métabolite-voie ?
Le Sankey d’enrichissement métabolite–voie est le graphique de référence de l’analyse d’enrichissement en voies en métabolomique, reliant les métabolites différentiellement abondants aux voies biologiques où ils sont significativement enrichis. La figure compte exactement deux colonnes : à gauche les métabolites (acides aminés, sucres, acides gras, nucléotides), à droite les voies qu’ils alimentent (glycolyse, cycle de TCA, métabolisme des purines, oxydation des acides gras). Chaque ruban signifie « un métabolite → une voie » ; plus il est épais, plus le lien est fort, ce qui révèle d’un coup d’œil les métabolites qui pilotent quelques voies centrales.
Le langage visuel reprend les figures KEGG académiques : des métabolites pastel à gauche et, surtout, des rubans gris clair unis tracés à ~0,6 d’opacité, de sorte que les chevauchements s’approfondissent naturellement sans distraire de la structure. Chaque étiquette est placée à gauche de sa barre, alignée à droite et centrée verticalement, sans pastille, pour que texte et rubans ne se gênent jamais.
Fonctionnalités
- Sankey à deux colonnes + panneau de bulles : le Sankey relie métabolites → voies, tandis qu’un panneau droit s’aligne ligne à ligne sur la colonne des voies — x code -Log(Pvalue) (significativité), la surface code Count (nombre de métabolites) et la teinte rouge code Hit Ratio (taux de succès)
- Piloté par modèle, couches automatiques : téléchargez le modèle CSV, remplissez cinq colonnes, déposez-le ; l’outil classe automatiquement source en métabolites et target en voies
- Rubans gris unis : un seul gris clair à ~0,6 d’opacité ; les superpositions s’approfondissent pour un rendu académique sobre
- Étiquettes à gauche : chaque étiquette à gauche de sa barre, alignée à droite et centrée, sans fond
- Deux zones de couleur : ~50 métabolites pastel alimentent ~11 voies ton gemme, séparant structure et contenu
- Codage couleur + taille : Hit Ratio en dégradé rose clair → rouge, Count en surface de bulle, deux légendes verticales
- Fond clair / sombre et export PNG / SVG : basculez le style, puis exportez PNG haute résolution (2x) ou SVG vectoriel
- Confidentialité : toutes les données sont traitées localement dans le navigateur, jamais téléversées
Domaines d’usage
- Enrichissement en métabolomique : mappez les métabolites significatifs vers KEGG et autres banques de voies
- Recherche de biomarqueurs : fluctuations du sérum, des tissus ou des cellules reliées au métabolisme énergétique ou lipidique
- Associations gène / protéine / médicament : toute structure de mapping molécule-voie fonctionne, avec p-value et échelle à droite
- Articles et rapports omiques : une vue d’ensemble d’enrichissement propre pour manuscrits ou rapports de puces
- Histoires de données par voie : montrez à la fois quels individus entrent dans un ensemble et leur significativité et taille
Étapes
- Cliquez sur « Télécharger le modèle CSV » pour l’exemple (~50 mappings sur 11 voies)
- Remplissez vos données :
source,target,value,logp,hitratio - Cliquez la zone d’envoi ou glissez le fichier CSV
- Le Sankey et le panneau de bulles s’affichent ; basculez clair / sombre
- « Télécharger PNG » ou « Télécharger SVG »
Format des données
| Champ | Requis | Sens |
|---|---|---|
| source | oui | Métabolite de gauche (sortie seule) |
| target | oui | Voie de droite (entrée seule) |
| value | oui | Force de mapping / Count (positif) — épaisseur et surface |
| logp | oui | -Log(Pvalue) (significativité) — position x |
| hitratio | oui | Taux de succès 0–1 — teinte rouge |
Limites : jusqu’à 200 lignes ; au plus 100 métabolites et 30 voies. Structure unidirectionnelle « métabolite → voie » exigée ; un flux circulaire est signalé.
Astuce : un même nom reste toujours un nœud unique. Pour distinguer des métabolites homonymes, ajoutez un préfixe.
Comment lire
Lisez d’abord l’axe vertical des bulles : une bulle plus à droite = -Log(Pvalue) plus grand (plus significatif), une bulle plus grande = plus de métabolites (Count), un rouge plus intense = Hit Ratio plus élevé. Puis suivez les rubans : une voie très significative pointe directement vers les métabolites qui la pilotent, et un métabolite mappé sur plusieurs voies est un hub partagé. Survolez une bulle ou un ruban pour les valeurs exactes.
À propos de Gotokit
Gotokit conçoit des outils en ligne simples, efficaces et soignés. Ce générateur de Sankey d’enrichissement fonctionne sur le moteur ECharts — sans inscription, prêt à l’emploi, données traitées localement pour votre confidentialité.
FAQ
Combien de colonnes le CSV doit-il contenir ? D’où viennent les données du panneau de bulles ?
Cinq colonnes fixes : source,target,value,logp,hitratio. value fixe l’épaisseur et sert de Count ; logp/hitratio placent la bulle et sa teinte — à renseigner sur une ligne par voie. Jusqu’à 200 lignes.
Pourquoi les rubans sont-ils gris et translucides ?
C’est l’esthétique sobre des figures KEGG : un seul gris ne distrait pas de la structure, et à ~0,6 d’opacité les chevauchements s’approfondissent en couches.
Que représente chaque bulle du panneau ?
Chaque bulle est une voie de droite : position x = -Log(Pvalue), surface = Count, teinte rouge = Hit Ratio (rose clair → rouge ≈ 0,2-0,5). Survolez pour voir logp, Count et Hit Ratio.
Cet outil de graphique convient-il plutôt aux présentations, rapports ou visuels sociaux ?
Les trois sont possibles, mais avec des priorités différentes : lisibilité pour les slides, structure et annotations pour les rapports, densité visuelle et style pour les réseaux sociaux.
Quand faut-il exporter en PNG plutôt qu’en SVG ?
PNG est plus pratique pour les slides, les messages ou les réseaux sociaux ; SVG est préférable pour la retouche, l’impression grand format ou l’intégration dans un design system.
Quelle différence avec un logiciel de graphiques généraliste ?
Ces outils sont optimisés pour une grammaire visuelle précise, ce qui permet d’obtenir un résultat fort plus rapidement. Les outils généralistes sont plus souples, mais demandent souvent davantage de réglages.
Puis-je utiliser cet outil sur mobile ou tablette ?
La plupart des outils fonctionnent sur navigateur mobile moderne, mais les graphiques complexes, gros fichiers et interactions précises sont généralement plus confortables sur ordinateur.
Cet outil convient-il plutôt à un besoin ponctuel ou récurrent ?
L’outil est surtout fort pour les tâches ponctuelles, les vérifications rapides et les exports temporaires. Pour une automatisation durable ou une intégration profonde, il faut souvent le compléter avec d’autres outils.
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Transformez des colonnes catégorie, valeur et groupe en une rose de Nightingale dont chaque pétale prend la couleur de son groupe, les teintes s’enchaînant harmonieusement d’un segment à l’autre. Interrupteur d’étiquettes, fonds clair / sombre et export PNG / SVG.
Tableau Blanc Excalidraw en Ligne
Tableau blanc en ligne basé sur Excalidraw pour organigrammes, croquis, wireframes et annotations, avec édition locale dans le navigateur et export PNG, SVG, et .excalidraw.