代謝物パスウェイ濃縮 サンキー図生成ツール
代謝物パスウェイ濃縮 サンキー図生成ツール を使う
GotoKitのすべてのツールはオンラインで直接動作し、ダウンロード不要です。
固定 CSV テンプレートをアップロードして「代謝物 → パスウェイ」の2列エンリッチメント サンキー図を生成し、右側に対応するエンリッチメント バブル パネル（x軸=-Log(Pvalue)、バブルの面積=Count、赤色の濃淡=Hit Ratio）を描画します。リボンは単一の淡いグレーを不透明度約0.6で重ね合わせ自然に濃くなります。全ラベルはバーの左側・右寄せ・垂直中央合わせで背景なし。左列の約50のパステル代謝物が11のジェム色パスウェイに流れ込みます。ライト / ダーク背景、PNG / SVG 出力。
このツールについて
メタボロミクスでは、どの経路が濃縮されたか見えにくくなりがちです。この図は「代謝物 → パスウェイ」を1本の追跡可能な絵にします：約50のパステル代謝物が統一ライトグレーのリボン（不透明度約0.6、重なりで自然に濃く）で11のジェム色経路へ流入。全ラベルは左・右寄せ・中央合わせ・ピルなし。右のバブルパネルは行単位で整合し、x=-Log(Pvalue)、面積=Count、赤色=Hit Ratio。メタボロミクス・バイオマーカー研究・学術濃縮総覧向け。
- 高画質 PNG / SVG で書き出し、編集も可能
- 複数テーマをワンクリックで切替
- ライト / ダーク両対応
- 無料・透かしなし・回数制限なし
汎用的な作図ワークフローとの比較
| 比較項目 | このツール | 一般的な代替手段 |
|---|---|---|
| ビジュアルの方向性 | 特定の図法に最適化 | 汎用的だが設定が多い |
| 書き出し | PNG/SVG の高速書き出し重視 | 形式は多いが手順は重い |
| 向いている場面 | スライド・特集ページ・SNS ビジュアル | 複雑な分析図をゼロから構築 |
説明
代謝物パスウェイ濃縮 サンキー図とは？
代謝物パスウェイ濃縮 サンキー図（Metabolite–Pathway Enrichment Sankey）は、メタボロミクスのパスウェイ濃縮解析で、有意に変化した代謝物と、それらが有意に濃縮される生物学経路を結びつける代表的な可視化です。図はちょうど2列で構成されます。左列の個々の代謝物（アミノ酸、糖、脂肪酸、ヌクレオチドなど）、右列のそれらがマッピングされる代謝経路（解糖系、TCA回路、プリン代謝、脂肪酸酸化など）。各リボンは「1つの代謝物 → 1つの経路」を意味し、リボンが太いほどそのマッピングが強いことを示すため、どの代謝物が少数の核心経路を共同で駆動しているかが一目でわかります。
この図の視覚言語は学術的なKEGG濃縮図を踏襲しています。淡い色の代謝物ノードに加え、最も特徴的なのは統一の淡いグレーリボンを不透明度約0.6で描く点です。重なったリボンは自然に濃くなりますが、経路構造への注意力を散らす鮮やかな色は使われません。またすべてのノードのラベルはバーの左側、右寄せ、垂直中央合わせで、ピル背景なしのため、ラベルとリボンが互いを遮りません。
機能
- 2列濃縮構造 + バブルパネル：左のサンキー図が代謝物を経路にマッピングし、右のパネルが経路列と行ごとに整列——バブルのx位置が -Log(Pvalue)（有意性）、面積が Count（マッピング数）、赤色の濃淡が Hit Ratio（命中率）を表し、1枚で有意性と規模を同時に示します
- テンプレート駆動・自動レイヤリング：CSVテンプレートをダウンロードし5列を埋めてアップロードすると、sourceを左列代謝物、targetを右列経路として自動分類
- 統一グレーリボン：単一のライトグレーを約0.6の不透明度で描き、重なりは自然に濃くなる抑制的な学術風
- 左寄せラベル：全ラベルをバーの左側・右寄せ・垂直中央に配置、背景なし
- 2ゾーン配色：約50のパステル代謝物が約11のジェム色経路に流れ込み、構造と内容を区別
- 色+サイズの二重エンコード：Hit Ratioをライトピンク→赤のグラデーション、Countをバブル面積で表現、縦2つの凡例付き
- ライト / ダーク背景とPNG / SVG出力：背景を切り替えて、高解像度PNG（2x）または編集可能なSVGを出力
- プライバシー ：すべてのデータはブラウザ内でローカル処理され、アップロードされません
利用シーン
- メタボロミクス濃縮解析：有意な代謝物をKEGGなどの経路ライブラリへマッピングし、核心経路と有意順序を示す
- バイオマーカー・疾患研究：血清・組織・細胞の代謝変動をエネルギー・脂質代謝の経路手がかりに関連付ける
- 遺伝子 / タンパク質 / 薬剤の関連解析：どんな「分子 → 経路」マッピング構造でも、右側にp値と規模を示して再利用可能
- 論文・オミックスレポート：メタボロミクス原稿やアレイレポート用の整然とした濃縮総覧図
- 経路レベルのデータストーリー：どの個体が集合に入るかと、その集合の有意性・規模を同時に示す
使い方
- 「CSVテンプレートをダウンロード」をクリック（11経路にわたる約50のサンプルマッピング）
- データを
source,target,value,logp,hitratioの形式で記入 - アップロードゾーンをクリック、またはCSVファイルをページにドラッグ
- 2列のサンキー図とバブルパネルが自動描画され、ライト / ダークを切り替え
- 「PNG をダウンロード」または「SVG をダウンロード」で保存
データ形式
| フィールド | 必須 | 意味 |
|---|---|---|
| source | 必須 | 左列の代謝物名（出力のみ） |
| target | 必須 | 右列の経路名（入力のみ） |
| value | 必須 | マッピング強度 / Count（正数）— リボン幅とバブル面積 |
| logp | 必須 | -Log(Pvalue)（有意性）— バブルのx位置 |
| hitratio | 必須 | 命中率0–1 — バブルの赤色の濃淡 |
制限：最大200行、左列最大100代謝物、右列最大30経路。「代謝物 → 経路」の一方向構造が必要で、循環フローは警告されます。
ヒント：同一名は常に1つのノードとして扱われます。同名の代謝物を区別する必要がある場合は、接頭辞を付けてください。
この図の読み方
まず右のバブルパネルの縦並びを見ます。バブルが右にあるほど -Log(Pvalue) が大きく（より有意）、バブルが大きいほどマッピングされた代謝物が多い（Countが高い）、赤が濃いほど Hit Ratio が高いことを示します。次に左のサンキーリボンをたどると、有意な経路がどの代謝物によって駆動されているかが一目でわかり、複数経路にマッピングされた代謝物は共有ハブです。バブルやリボンにカーソルを合わせると正確な値が表示されます。
Gotokit について
Gotokit はシンプルで効率的、美しいオンラインツールを提供します。この濃縮 サンキー図生成ツールは ECharts エンジンで動作し、登録不要ですぐに使え、データは完全にローカル処理されるためプライバシーも安心です。
よくある質問
CSV は何列必要ですか？バブルパネルのデータはどこから来ますか？
5列固定です：source,target,value,logp,hitratio。valueがリボン幅とCount（バブル面積）を兼ね、logp/hitratioがバブルの位置と赤色を決めます。最大200行。
リボンはなぜ灰色で半透明なのですか？
KEGG濃縮図の抑制的な学術デザインです。単一グレーは経路構造から注意を逸らさず、不透明度約0.6で重なりが層として自然に濃くなります。
バブルパネルの各点は何を意味しますか？
各バブルは右列の1経路を表し、x位置=-Log(Pvalue)、面積=Count、赤色=Hit Ratio（約0.2-0.5）。ホバーでlogp・Count・Hit Ratioを確認できます。
このチャートはスライド・レポート・SNS のどれに向いていますか？
どれにも使えますが、重視点が違います。スライドは読みやすさ、レポートは構造と注釈、SNS は密度と見映えが重要です。用途に合わせて配色・ラベル・書き出しサイズを調整してください。
PNG と SVG はどう使い分ければよいですか？
スライドや SNS、メッセージ用途なら PNG が扱いやすく、編集継続や印刷、デザインシステム組み込みには SVG が向いています。SVG 非対応の配信先では高解像度 PNG を使ってください。
一般的なグラフツールとの違いは？
これらのツールは特定の図法やレイアウトに最適化されているため、短時間で完成度の高い見た目に到達しやすいです。汎用ツールは柔軟ですが、設定や調整の手間が増えやすいです。
スマホやタブレットでも使えますか？
多くのツールはモバイルブラウザでも動作しますが、複雑な図表や大きなファイル、細かなドラッグ操作はデスクトップの方が快適です。
単発作業向きですか、それとも継続ワークフロー向きですか？
素早い単発作業や確認、仮の書き出しに強いです。継続自動化やチーム協業、深い統合が必要な場合は、別のデスクトップソフトやスクリプトと組み合わせるのが一般的です。
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四段階決定サンキー図オンライン生成ツール
起源 → 宛先 → 判定 → 起源別の内訳まで、全体のファネルを一度に描く4段サンキー図。流量は左から層状に入り、右側で採択 / 不採択の比較バーに分解。年号バッジと3配色付きで、査読・承認・入試などの判定フローに最適。ライト / ダーク背景、PNG / SVG 出力。
三角階段型分布マトリックスヒートマップ生成ツール
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暖色ノードと冷色ノードがそれぞれ連続した弧を作る Circos 風コード図。ノード間の線は一端の色から他端の色へと変化する2色グラデーションリボンになり、陣営間の流れが一目瞭然。ゲノム・ネットワーク・生態などの行列データ向け。ダークモードと PNG / SVG 出力対応。
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ラジアルアークフロー図ジェネレーター
「国 → 組織」のフローを同心円レイアウトで描く放射状アークフロー図。上部のアーチは大陸ごとに区切られ、弧上に国の目盛、各目盛から流線が下って総流量でサイズが決まる組織ノードへ収束します。世界の貿易・援助・移民などのフロー物語向け。ダークモード、PNG / SVG 出力。
二色半円コード図ジェネレーター
「源 → 先」の2部フローを二層の半円リングに描く二色コード図。上リングのスレート色ソース扇区と下リングのピンク色ターゲット扇区、ノード幅は総流量で重み付けされ、ベジェ曲線が中心を横切ってターゲット側の矢印へ。脅威モデリング、能力マッピング、要件トレーサビリティ向け。ダークモードと PNG / SVG 出力。
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