Generador de Sankey de Enriquecimiento Metabolito-Vía
Usar Generador de Sankey de Enriquecimiento Metabolito-Vía
La herramienta funciona directamente en esta página, sin registro ni instalación.
Sube una plantilla CSV fija para generar un Sankey de enriquecimiento de dos columnas metabolito → vía, con un panel de enriquecimiento a la derecha (eje x = -Log(Pvalue), área de burbuja = Count, tono rojo = Hit Ratio). Las bandas usan un gris claro uniforme a opacidad ~0,6 para que las superposiciones se oscurezcan ; cada etiqueta va a la IZQUIERDA de su barra, alineada a la derecha y centrada verticalmente sin píldora ; ~50 metabolitos pastel alimentan 11 vías con color gema. Fondo claro / oscuro, exportación PNG / SVG.
Sobre esta herramienta
La metabolómica a menudo oculta qué vía se enriquece. Esta figura encadena metabolito → vía : ~50 metabolitos pastel fluyen por cintas grises claras (~0,6 de opacidad) hacia 11 vías tono gema ; cada etiqueta a la izquierda, centrada y sin píldora ; el panel derecho se alinea fila a fila — x = -Log(Pvalue), área = Count, rojo = Hit Ratio. Pensado para metabolómica, biomarcadores y vistas de enriquecimiento académicas.
- Exporta PNG / SVG nítido y editable
- Varios temas integrados, cambio en un clic
- Compatible con lienzo claro y oscuro
- Gratis, sin marca de agua ni límites
Comparado con flujos de dataviz generalistas
| Aspecto | Esta herramienta | Alternativa típica |
|---|---|---|
| Dirección visual | Optimizado para una gramática visual concreta | Más general, pero requiere más ajustes |
| Exportación | Prioriza exportación rápida PNG/SVG | Más formatos, pero flujo más pesado |
| Ideal para | Presentaciones, páginas temáticas y visuales sociales | Construir gráficos analíticos a medida |
Documentación
¿Qué es un Sankey de enriquecimiento metabolito-vía?
El Sankey de enriquecimiento metabolito–vía es el gráfico estrella del análisis de enriquecimiento de vías en metabolómica, que conecta los metabolitos diferencialmente abundantes con las vías biológicas donde están significativamente enriquecidos. La figura tiene exactamente dos columnas: a la izquierda los metabolitos (aminoácidos, azúcares, ácidos grasos, nucleótidos) y a la derecha las vías que alimentan (glucólisis, ciclo de TCA, metabolismo de purinas, oxidación de ácidos grasos). Cada cinta significa “un metabolito → una vía”; cuanto más gruesa, más fuerte el vínculo, lo que revela de un vistazo los metabolitos que impulsan unas pocas vías centrales.
El lenguaje visual remite a las figuras KEGG académicas: metabolitos pastel a la izquierda y, sobre todo, cintas grises claras unidas dibujadas a ~0,6 de opacidad, de modo que los solapes se oscurecen naturalmente sin distraer de la estructura. Cada etiqueta va a la izquierda de su barra, alineada a la derecha y centrada verticalmente, sin píldora, para que texto y cintas no compitan.
Funcionalidades
- Sankey de dos columnas + panel de burbujas : el Sankey conecta metabolitos → vías, mientras un panel derecho se alinea fila a fila con la columna de vías — x codifica -Log(Pvalue) (significancia), el área codifica Count (número de metabolitos) y el tono rojo codifica Hit Ratio (tasa de acierto)
- Pilotado por plantilla, capas automáticas : descarga la plantilla CSV, rellena cinco columnas y súbela ; la herramienta clasifica source como metabolitos y target como vías
- Cintas grises unidas : un solo gris claro a ~0,6 de opacidad; los solapes se profundizan para un aspecto académico sobrio
- Etiquetas a la izquierda : cada etiqueta a la izquierda de su barra, alineada a la derecha y centrada, sin fondo
- Dos zonas de color : ~50 metabolitos pastel alimentan ~11 vías tono gema, separando estructura y contenido
- Codificación de color + tamaño : Hit Ratio con degradado rosa claro → rojo, Count con área de burbuja, dos leyendas verticales
- Fondo claro / oscuro y exportación PNG / SVG : cambia el estilo y exporta PNG en alta resolución (2x) o SVG vectorial
- Privacidad : todos los datos se procesan localmente en el navegador, nunca se suben
Ámbitos de uso
- Enriquecimiento en metabolómica : mapea metabolitos significativos hacia KEGG y otras bibliotecas de vías
- Investigación de biomarcadores : cambios en suero, tejido o células ligados a rutas de energía o metabolismo lipídico
- Asociaciones gen / proteína / fármaco : cualquier estructura de mapeo molécula-vía funciona, con p-valor y escala a la derecha
- Artículos e informes ómicos : una vista de enriquecimiento clara para manuscritos o informes de microarrays
- Historias de datos por vía : muestra a la vez qué individuos entran en un conjunto y su significancia y tamaño
Pasos
- Haz clic en « Descargar plantilla CSV » para el ejemplo (~50 mapeos en 11 vías)
- Rellena tus datos:
source,target,value,logp,hitratio - Haz clic en la zona de subida o arrastra el archivo CSV
- Se renderizan el Sankey y el panel de burbujas; alterna claro / oscuro
- Pulsa « Descargar PNG » o « Descargar SVG »
Formato de datos
| Campo | Requerido | Significado |
|---|---|---|
| source | sí | Metabolito izquierdo (solo salida) |
| target | sí | Vía derecha (solo entrada) |
| value | sí | Fuerza de mapeo / Count (positivo) — grosor y área |
| logp | sí | -Log(Pvalue) (significancia) — posición x |
| hitratio | sí | Tasa de acierto 0–1 — tono rojo |
Límites : hasta 200 filas; máximo 100 metabolitos y 30 vías. Se exige estructura unidireccional “metabolito → vía”; un flujo circular genera aviso.
Consejo : un mismo nombre siempre es un único nodo. Para distinguir metabolitos homónimos, añade un prefijo.
Cómo leerlo
Lee primero el orden vertical de las burbujas : una burbuja más a la derecha = -Log(Pvalue) mayor (más significativo), una burbuja más grande = más metabolitos (Count), un rojo más intenso = Hit Ratio más alto. Luego sigue las cintas del Sankey : una vía muy significativa apunta directamente a los metabolitos que la impulsan, y un metabolito mapeado a varias vías es un hub compartido. Pasa el cursor sobre cualquier burbuja o cinta para ver los valores exactos.
Acerca de Gotokit
Gotokit construye herramientas en línea simples, eficientes y hermosas. Este generador de Sankey de enriquecimiento funciona con el motor ECharts — sin registro, listo para usar, con datos procesados localmente para tu privacidad.
Preguntas frecuentes
¿Cuántas columnas necesita el CSV? ¿De dónde salen los datos del panel de burbujas?
Cinco columnas fijas: source,target,value,logp,hitratio. value fija el grosor y sirve de Count ; logp/hitratio colocan la burbuja y su tono — rellénalos en una fila por vía. Hasta 200 filas.
¿Por qué las cintas son grises y translúcidas?
Es el aspecto académico sobrio de las figuras KEGG : un solo gris no resta atención a la estructura y a ~0,6 de opacidad los solapes se profundizan en capas.
¿Qué significa cada burbuja del panel?
Cada burbuja es una vía de la derecha : posición x = -Log(Pvalue), área = Count, tono rojo = Hit Ratio (rosa claro → rojo ≈ 0,2-0,5). Pasa el cursor para ver logp, Count y Hit Ratio.
¿Esta herramienta de gráficos sirve más para presentaciones, informes o visuales sociales?
Los tres usos son válidos, pero con prioridades distintas: legibilidad en presentaciones, estructura y anotación en informes, y densidad visual y estilo en redes sociales.
¿Cuándo conviene exportar en PNG en lugar de SVG?
PNG suele ser mejor para presentaciones, chats o redes sociales; SVG es mejor si quieres seguir editando, escalar para impresión o integrarlo en un sistema de diseño.
¿En qué se diferencia de una herramienta de gráficos generalista?
Estas herramientas están optimizadas para una gramática visual concreta, lo que permite llegar antes a un resultado sólido. Las herramientas generalistas son más flexibles, pero suelen requerir más configuración.
¿Puedo usar esta herramienta en móvil o tableta?
La mayoría funciona en navegadores móviles modernos, pero los gráficos complejos, archivos grandes y tareas de arrastrar con precisión suelen ir mejor en escritorio.
¿Esta herramienta va mejor para tareas puntuales o flujos recurrentes?
La herramienta destaca en tareas puntuales, comprobaciones rápidas y exportaciones temporales. Para automatización continua o integración profunda, suele complementarse con otros programas o sistemas.
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Generador de Diagrama de Arco Radial
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Generador de Diagrama de Cuerdas Bicolor en Anillo
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Generador de Diagrama de Cuerdas Doble Abanico Colorido
Este diagrama de cuerdas de doble abanico convierte flujos bipartitos en un reloj de arena: cinco arcos sólidos arriba y cinco arcos pastel abajo sobre un mismo círculo, con aberturas a las 3 y a las 9. Cintas translúcidas se cruzan en la cintura central, y cada sector lleva su propio eje graduado desde 0 con marcas principales cada 10 unidades. Pensado para flujos de canal, reparto de costes y cobertura de requisitos; modo oscuro y exportación PNG / SVG.
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Generador de Diagrama de Cuerdas de Flujo por Grupo
Dibuja «muchas fuentes hacia unos pocos grupos» en un solo anillo: la mitad izquierda lleva arcos pequeños de origen en un violeta único, la derecha arcos de grupo con un color cada uno y su leyenda vertical, el ancho del arco equivale a los totales del nodo y las cintas se tiñen según su grupo destino. Los separadores blancos dentro de los arcos de grupo muestran de un vistazo cuántas fuentes alimentan cada uno. Pensado para clasificación de muestras, atribución de canales, asignación de temas y destino de lotes, con modo oscuro y exportación PNG / SVG.
Generador de Diagrama de Cuerdas Espectral
Convierte una matriz de relaciones en un anillo espectral: los nodos van en sentido horario del total mayor al menor, los colores de arco se muestrean sobre un degradado continuo —el tono es el ranking (el más rojo el mayor, el más azul el menor)—, cada relación es una línea fina turquesa uniforme que se curva hacia el centro y los separadores blancos de un arco son su lista de conexiones. Con modo oscuro y exportación PNG / SVG.
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Aplana las co-ocurrencias sobre una sola línea de base con marcas de grupo coloreadas, etiquetas verticales a la izquierda y semicírculos semitransparentes cuya altura y grosor cambian con el peso. Sigue siendo legible incluso con 400 relaciones, con modo oscuro y exportación PNG / SVG.
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Convierte las columnas de categoría, valor y grupo en una rosa de Nightingale donde cada pétalo toma el color de su grupo y los tonos fluyen de un segmento al siguiente. Incluye interruptor de etiquetas, fondos claro / oscuro y exportación PNG / SVG.
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